これはコピー元／コピー先、両文書に同じスタイル名が存在するからです。この場合、コピー先のスタイルの書式に統一されます。以下の2文書があるとします。
・文書A→見出し1～3を使用
・文書B→見出し1～3を使用
文書Aの内容→文書Bにコピーすると、文書Aの見出し1～3は、文書Bの見出し1～3の書式に変更されてしまいます。
■元の書式を保持したままコピーするには
・方法(1)貼り付けのオプションで「元の形式を保持」を選択
１．コピー元から文章をコピー（Ctrl+C）
２．コピー先ファイルに貼り付ける（Ctrl+V）
３．貼り付け末尾に「貼り付けのオプション」ボタンが表示されたら「元の書式を保持」をクリック
・方法(2)コピー元ファイルをWordPadで開く
スタイルという概念がないWordPadで開くことにより、書式を維持できます。（＝スタイルが重複しないためコピーしても書式が崩れない）
１．コピー元ファイルを閉じる
２．コピー元ファイルのアイコンを右クリック－「プログラムから開く」－「WordPad」をクリック
３．WordPadで開いたら内容をコピーし、コピー先ファイルに貼り付ける
※レイアウトが崩れる場合もあります。適宜修正してください。