Google検索のですが、2013年9月にはGoogleアカウントにログインしていない状態でも検索がSSL化されています。この辺りからGoogle検索の流入キーワードはほぼ分からなくなっているのではないでしょうか（＝notprovidedになっている）。
Yahoo!も遅れて、2017年3月までにYahoo!JAPANサービスを常時SSL化することを発表しました。よって、2014年以降くらいからGoogleAnalyticsで見えていた流入キーワードはYahoo!検索からのキーワードがメインです。
〇検索流入キーワード把握にはサーチコンソール「検索アナリティクス」を
そもそも流入キーワードを把握することは、「どのような意図をもってWebサイトに訪れているか」というユーザーニーズを知る上で、有用な手段の1つでした。代替する手段はいくつかありますが、現在では Googleサーチコンソール(旧Webマスターツール)の「検索アナリティクス」を活用する事が第一歩になります。
こちらがGoogleサーチコンソールの画面です。
サーチコンソールの見方と使い方
１．クリック数、表示回数、CTR、掲載順位のチェックは見たいものにチェック。
２．クエリ単位やページ単位などに絞って、状況を確認します。
例）「●●」というキーワードを含むクエリでチェック
例）/xxxxというカテゴリ配下だけでのキーワードチェック
３．「デバイス」によるキーワードの違い（＝PCとモバイルでの検索傾向が異なるケース）が顕著な場合がありますのでこちらもフィルタしてチェックしておきましょう。
ただし、この「検索アナリティクス」には３つだけ課題点があります。
・キーワード(クエリ)は画面上999件までしか閲覧できない
→少し規模の大きなサイトを運営していると圧倒的に数が足りません…。
・閲覧(データ保存)期間が90日前までしかない
→つまり「去年の今頃がどうだったのか」が閲覧できないのです。定期的にCSVダウンロードして保管する方法もありますが、手間と忘れずにやるのが大変です。
・GoogleAnalyticsと連携しても検索キーワード別の「直帰率」「滞在時間」「CV率」はわからない。
→GoogleAnalyticsはサーチコンソールのデータが取り込めるようになったのですが、流入キーワードが分かってもコンバージョン（CV）しているキーワードがわからないなどの施策を検討するうえで重要な指標を見ることができません。
